Der spätere Direktor des Wiener Naturhistorischen Museums interessierte sich schon in der Jungend für sein späteres wissenschaftliches Forschungsgebiet, die Mineralogie und Geologie. Michel engagierte sich bei Normungsfragen Baumaterialien betreffend oder tätigte Untersuchungen über österreichische Erzlagerstätten. Er gründete u.a. die staatlich autorisierte Technische Untersuchungsanstalt für Edelsteine und war gerichtlich beeideter Sachverständiger beim Handelsgericht Wien.
Zudem war Michel Verfasser der damaligen Standardwerke „Die künstlichen Edelsteine“ und „Nachahmungen und Verfälschungen von Edelsteinen“. Darüber hinaus wurde sein Werk „Leitfaden der Untersuchungsmethoden für Edelsteine und Perlen“ auch ins Englische übersetzt.
1933 wurde Hermann Michel zum Direktor des Naturhistorischen Museums ernannt, von dem Amt 1938 wieder enthoben, ab 1947 wurde ihm neuerlich die Leitung des Wiener Naturhistorischen Museums anvertraut, die er bis 1951 ausübte. Ab 1951 war er Generaldirektor der Naturwissenschaftlichen Sammlungen in Wien.