Emmanuelle Charpentier ist eine französische Mikrobiologin, Genetikerin und Biochemikerin. Charpentier war zwischen 2002 und 2009 in den Max F. Perutz Laboratories der Uni Wien und an der MedUni Wien tätig, nach ihrer Habilitation in Mikrobiologie 2006 war sie als Associate Professor angestellt. 2009 ging Charpentier an die Universität Umeå in Schweden ans Laboratory for Molecular Infection Medicine Sweden MIMS.
Charpentier forscht auf dem Gebiet der Regulationsmechanismen, die Infektionsprozessen und Immunität von pathogenen Bakterien zugrunde liegen. Hier liegt ihr Fokus auf der Genregulation auf der Ebene der (bakteriellen) Ribonukleinsäure (RNA) und der molekularbiologischen Erforschung von Infektionen.
Seit 2018 ist Charpentier Leiterin der Max-Planck-Forschungsstelle für die Wissenschaft der Pathogene in Berlin, zuvor war sie seit 2015 Direktorin am Berliner Max-Planck-Institut für Infektionsbiologie. 2020 wurde ihr für die Entwicklung der „Genschere“ CRISPR/Cas9 zusammen mit Jennifer A. Doudna der Nobelpreis für Chemie verliehen.